Budzák, Šimon, 1982-

Teoretické štúdium interakcií mezi receptorom VEGFR2 a vybranými inhibítormi = Theoretical study of intermolecular interactions between VEGFR2 and selected inhibitors / Šimon Budzák, Miroslav Medveď, Marek Skoršepa [elektronický zdroj]. -- V našej práci sme sa zaoberali možnosťami inhibície receptora VEGFR2( vascular endothelial growth factor receptor 2). Spájaním fragmentov z dvoch známych inhibítorov (1Y6A a 1YWN), pomocou dvoch druhov linkerov sme vytvorili sériu nových potenciálnych inhibítorov. Metódou ONIOM (AM1:B3LYP/6-31G*) sme určili interakčné energie jednotlivých inhibítorov a ich fragmentov. Zistili sme, že inhibítor 1YWN je k receptoru VEGFR2 viazaný asi o 35% silnejšie než 1Y6A. Vloženie oboch fragmentov spoločne do aktívneho miesta vedie k nárastu interakčnej energie približne na úrovni ich súčtu ich interakčných energií. Štruktúra interakčného regiónu spolu s inhibítorom zistená našimi výpočtami nezodpovedá (na úrovni interakčných energií) experimentálnym údajom. Optimálna dĺžka linkera spájajúceho oba fragmenty je podľa našich výpočtov rovná dĺžke reťazca zloženého z piatich atómov

In Mladí vedci 2009 : zborník vedeckých prác doktorandov a mladých vedeckých pracovníkov Rózová, Zdenka. -- Nitra : Univerzita Konštantína Filozofa, Fakulta prírodných vied, 2009. -- 1475 s.. -- ISBN ISBN 978-80-8094-499-5. -- CD-ROM, s. 262-268